El Museo cuenta con cinco salas de exposición que muestran, mediante fotografías, planos, maquetas, gigantografías, textos y objetos, aspectos históricos de la ciudad vinculados con el ferrocarril y el puerto, la inmigración, el trabajo y el crecimiento.
Entre los objetos más exclusivos de su colección se destacan los relojes antiguos, boletos ferroviarios, escafandras de buzos utilizadas para construir el puerto y la locomotora del ferrocarril, esta última ubicada en su exterior.
En el edificio, que conserva su fachada y la escalera original de madera, también funcionan las oficinas del Ente Comodoro Turismo (EnCoTur), se dictan talleres y se brindan exposiciones culturales itinerantes.